Toma Kamijo, nella città-studio è un liceale come tanti, e con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere paranormale. Una mattina il ragazzo trova stesa sul suo balcone Index, una suora bambina che custodisce nella memoria ben 103.000 grimori e che è in fuga da oscuri nemici! In questo numero, Toma torna finalmente a scuola all'inizio del nuovo trimestre e raccomanda alla giovane Index di non cacciarsi nei guai mentre lui è a lezione. Ma appena entrato in classe, la professoressa Komoe presenta a tutti una nuova studentessa...