Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La vita del ragazzo prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone!) la suora bambina Index, custode "mnemonica" di ben 103.000 grimori, di proprietà della Chiesa Puritana d'Inghilterra! Quella che doveva essere una semplice manifestazione sportiva si sta trasformando in un vero e proprio gioco al massacro che vedrà coinvolte molte persone care a Toma.