Per reagire alle crescenti minacce di gruppi terroristici e di organizzazioni criminali in possesso di mezzi sempre più sofisticati, l'Agenzia di Sicurezza Nazionale del governo americano (NSA) ha istituito un dipartimento supersegreto: Third Echelon. I suoi agenti sul campo si chiamano Splinter Cell, e sono tanto invisibili quanto letali. Operano da soli e hanno licenza di spiare, rubare o distruggere documenti preziosi, registrare conversazioni compromettenti, falsificare prove scottanti. E uccidere. La loro prerogativa è di agire nell'ombra, grazie all'attrezzatura tecnologica di nuova generazione di cui dispongono. Se catturati in missione, il governo negherà ogni legame con loro, nessuno muoverà un dito per salvarli. Sam Fisher, il primo e migliore Splinter Cell, è in Russia alla ricerca di prove sull'attività del gruppo internazionale di trafficanti d'armi noto come The Shop. Ma quando dalle acque di Hong Kong affiora il corpo di un fisico nucleare coinvolto in un progetto top secret per il governo americano, Third Echelon incarica Sam di recarsi laggiù e stabilire i movimenti dello scienziato prima della morte. L'uomo era a capo di una divisione che sviluppava una torpedine stealth comandata a distanza, in grado di trasportare una testata nucleare. Aiutato da un ex agente della CIA, Sam scopre che il progetto era nel mirino di una triade mafiosa cinese, i Lucky Dragons, e che forse anche The Shop non è estraneo alla vicenda ed è meno lontano di quanto credeva.