Subito dopo gli attentati dell'11 settembre 2001 Hersh si è gettato in una serie di inchieste che hanno messo in luce una lunga catena di verità scomode e, in primo luogo, sul fallimento dei servizi segreti americani che hanno sottovalutato la minaccia dei kamikaze di al-Qaeda, hanno diffuso notizie false sulla presenza di armi di distruzione di massa in Iraq e sono stati corresponsabili della pessima gestione del dopoguerra. Poi, mentre tutta l'attenzione della Casa Bianca era puntata sull'Iraq, ha portato nuova luce sui legami tra il regime saudita e Osama bin Laden, e sugli oscuri traffici di materiale nucleare da parte di Pakistan e Iran.