"Opera omnia"è un piano non cronologico ma tematico. Sono state previste nove sezioni secondo nove principali centri di interesse molto diverso. Ogni sezione, dunque, prevede un certo numero di volumi (variabile da due a sei). Molti di questi volumi sono completati da una scelta di articoli o da lavori inediti, il cui tema è in relazione con l'opera principale. Di alcuni volumi si avrà di fatto un'edizione riveduta e ampliata. Ecco, in sintesi, il piano dei trentadue volumi divisi per sezioni. Sezione prima: L'uomo davanti a Dio, composta dai volumi: 1. Sulle vie di Dio, 2. Il dramma dell'umanesimo ateo, 3. Proudhon e il Cristianesimo, 4. Paradossi e nuovi paradossi. Sezione seconda: La fede cristiana, composta dai volumi: 5. La struttura del simbolo degli apostoli, 6. Mistica e mistero Cristiano. Sezione terza: Chiesa, composta dai volumi: 7. Cattolicismo. Aspetti sociali del dogma, 8. Meditazione sulla Chiesa, 9. Paradosso e mistero della Chiesa, 10. Le Chiese particolari nella Chiesa universale. Sezione quarta: Soprannaturale, composta dai volumi: 11. Il mistero del soprannaturale, 12. Agostinismo e teologia moderna, 13. Spirito e libertà, 14. La rivelazione divina e il senso dell'uomo. Sezione quinta: Scrittura ed Eucaristia, composta dai volumi: 15. Corpus Mysticum 16. Storia e Spirito, 17. Esegesi medievale I.