Huxley scrisse moltissimo, specialmente di scienze naturali. Molti sono, però, i saggi dedicati alle discussioni religiose in cui, con tono polemico e irriverente, tentò di spogliare i Testi Sacri delle loro pretese di infallibilità, esaminandoli in maniera certosina alla luce delle acquisizioni del metodo storico-critico e delle conoscenze di fisiologia e paleontologia. Particolarmente innovatori gli scritti dedicati all'agnosticismo, che stimolano un duplice interesse: filologico, perché testimoniano della nascita di un atteggiamento che oggi ha ancora molta presa; contenutistico, perché enunciano un metodo di analisi della religione e una serie di applicazioni concrete, tuttora straordinariamente validi.