Il 21 settembre 2000, al teatro Quirino di Roma, oltre duemila persone assisterono a un confronto tra Paolo Flores d'Arcais, direttore di MicroMega, e un ospite d'eccezione: Joseph Ratzinger, allora prefetto della Congregazione per la dottrina della fede. Il futuro papa Benedetto XVI spiegò come il cattolicesimo tacesse "appello alla coscienza e alla ragione", ponendosi in una linea di "continuazione del pensiero umano che ha criticato le religioni", in qualche misura compatibile con le conquiste dell'Illuminismo. Ratzinger insisteva nel trovare un terreno di discussione con gli atei, quasi prendendo le distanze dalla crociata wojtyliana contro il relativismo. Cosa è accaduto, nel frattempo, in questi dieci anni? In un lungo saggio che precede la trascrizione integrale e fedele di quel fortunato incontro, Flores d'Arcais tenta un'analisi ragionata del pontificato di Ratzinger. Il percorso della Chiesa da Giovanni XXIII a Benedetto XVI costituisce non una battuta d'arresto ma un autentico rovesciamento dello spirito del Concilio Vaticano II, sostiene Flores, fino all'odierno scontro con l'aspirazione umana all'autonomia, a quell'auto; noinos che è "darsi legge da sé" anziché accoglierla da Dio. Il volume si chiude con la trascrizione del dibattito tra Joseph Ratzinger e Paolo Flores d'Arcais "Controversia su Dio".