"L'Istoria del Concilio Tridentino" è forse la prima opera moderna che mette al centro della narrazione un grande avvenimento di vita ecclesiastica, lasciando sullo sfondo le grandi vicende politiche. Il concilio di Trento, convocato a metà Cinquecento dalla Chiesa romana per dare risposta alla Riforma protestante, viene analizzato attentamente da Sarpi, che segue le mosse dei sovrani europei nel tentativo di condizionare il rinnovamento religioso e l'azione dei vescovi per cercare di ottenere maggiore autorità nelle loro diocesi. Invece la curia romana riesce a piegare il concilio agli interessi papali e arriva a costruire una monarchia fortemente accentrata, forte di una dottrina saldamente articolata e dotata di potenti strumenti disciplinari. Il risultato sarà quella che viene chiamata la Chiesa della Controriforma. Sarpi, diventato consultore della Repubblica di Venezia in occasione del conflitto scoppiato nel primo Seicento con la Santa Sede, che pretendeva il riconoscimento di particolari privilegi, si era convinto che l'autorità papale costruita dal concilio avesse finito con l'annullare la distinzione dei poteri fra autorità spirituale e temporale. Proprio le vicende del concilio di Trento gli consentivano di spiegare come fosse avvenuta quella trasformazione, capace di colpire l'azione politica degli Stati moderni e la sua opera poteva essere dunque uno strumento di lotta in difesa del potere laico.