Anno Domini 2030. Un reparto speciale della polizia giapponese chiamato "Sezione 9" è incaricato di occuparsi di tutti i casi legati ai crimini riguardanti le tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che nel ventunesimo secolo hanno avuto uno sviluppo oltre ogni immaginazione. Interlacciandosi fra loro, queste tecnologie hanno reso infatti possibile la creazione di cervelli e corpi artificiali potenziati oltre le normali capacità umane, utilizzati per operazioni spionistiche e terroristiche. Protagonisti della serie sono i componenti della squadra della "Sezione 9": il maggiore Motoko Kusanagi, i suoi sottoposti e il caposezione Aramaki, i quali devono vedersela, tra gli altri, con l'abilissimo hacker conosciuto come "Laughing Man".