La pace è finalmente giunta all'istituto Hakoniwa, ma Hansode Shiranui non c'è più. Medaka, resasi conto del tragico avvenimento, giunge da Ajimu, che possiede la chiave del mistero. Scopre così che la ragazza avrebbe fatto perdere le sue tracce proprio a causa della stessa Medaka (?!). Ha inizio un nuovo capitolo, Shiranui, la sconosciuta!