In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori Taiju è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Taiju e il suo amico Senku si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero. Si apre il sipario su un racconto di adventure survival science fiction. I compagni del "regno della scienza" si risvegliano uno dopo l'altro e insieme a Senku cominciano a darsi seriamente da fare in vista delle operazioni di recupero del dispositivo per la pietrificazione. Una volta messo insieme l'equipaggiamento necessario, si presentano quindi alla battaglia finale contro il "regno della pietrificazione" e Mozu... Ma ad attenderli c'è una trappola inaspettata.