In un attimo tutti gli esseri umani si sono trasformati in pietra e anche lo studente delle superiori è rimasto vittima di questo misterioso fenomeno. Tuttavia, molte migliaia di anni dopo... Senku e il suo amico Taiju si risvegliano e decidono di ricostruire la civiltà da zero. Si apre il sipario su un racconto di adventure survival science fiction. Tutti i membri del regno della scienza proseguono alacremente nelle operazioni di costruzione volte alla cattura del Dr. Xeno. Nel frattempo, però, anche il nemico sta procedendo con lo sviluppo di una sorprendente "arma segreta"... Lo scontro continua senza un attimo di respiro.