Diciannovesimo secolo: l'era Meiji apre un capitolo totalmente nuovo nella storia del Giappone, proponendosi di traghettare il paese verso un futuro radioso di pace e civiltà. Dall'ombra del leggendario assassino Battosai, attivo negli ultimi anni dello shogunato Tokugawa, emerge una figura errante enigmatica e decisamente fuori dai ranghi: Kenshin, spadaccino che, in nome del giuramento di non uccidere più nessuno, viaggia portando con sé una katana a lama invertita. Attraverso le sue avventure e la scoperta di nuovi valori e sentimenti, assisteremo al cambiamento di una nazione che si dirige a ritmo spedito verso la modernità. Lo scontro tra Kenshin e Raijuta Isurugi, il maestro di spada di Yutaro, per decidere le sorti dell'arte della spada nell'era Meiji si fa inevitabile e a pagarne le conseguenze più gravi sarà proprio il giovane allievo. Anche Sanosuke, che nel frattempo ritrova un suo vecchio compagno assetato di vendetta, si espone a un grave pericolo. Intanto Kenshin comincia a fare strani sogni popolati da "lupi" del passato...