Nella Firenze degli anni '50, ancora segnata dalle cicatrici della guerra, il grande storico dell'arte Leonard Anderson affronta la perdita della moglie. In crisi per il vuoto lasciato da questo lutto, incarica il giovane antiquario Guido Scalera di scovare opere di valore da acquistare e rivendere. In un viaggio alla scoperta delle campagne del centro Italia, Guido si imbatte in un quadro misterioso nell'antico Palazzo Ducale di Urbania. Da quel momento una serie di visioni inspiegabili lo spinge a indagare sul passato inquietante di Isotta D'Este, figlia del Signore di Ferrara Niccolò III, la cui esistenza è avvolta da tradimenti e segreti secolari. L'aquila e l'elefante è il ritratto di un passato che si fa vivo e umano, in cui le voci dimenticate della storia tornano a parlare.