Una sera, sul finire dell'anno 1655, mentre si appresta a chiudere il suo negozio di spezie nel centro di Amsterdam, il giovane Baruch Spinoza incontra Frans van den Enden, medico e commerciante di libri che ama radunare intorno a sé le menti più brillanti e originali. Da allora la sua casa diventa per il giovane filosofo il luogo in cui coltivare la passione per gli studi filosofici, abbandonati a causa delle difficoltà economiche della famiglia. A quelle appassionate discussioni assiste anche Clara Maria, talentuosa suonatrice di clavicembalo a cui il padre affida il compito di insegnare il latino a Spinoza. Tra la giovanissima maestra e l'allievo nasce un rapporto intenso e contrastato, che chiama in gioco il lato più passionale di Spinoza, non soltanto pensatore rigoroso, distaccato dalla realtà terrena l'inafferrabile tornitore di lenti dedito allo studio di Dio e della natura immutabile dell'essere -, ma uomo in carne e ossa, tormentato da pulsioni scaturite dal corpo e dai sensi. Da questo apparente conflitto tra due anime sgorgano le incalzanti domande della conversazione immaginaria in cui Spinoza ripercorre gli episodi salienti della propria vita, cercando di ristabilire il legame tra mondo interiore ed esteriore, tra pensiero ed eventi: le peregrinazioni dei suoi antenati, una famiglia di ebrei sefarditi in fuga dalla Penisola iberica fino all'Olanda; la morte prematura della madre; la cacciata dalla comunità ebraica di Amsterdam e dalla città.