Nell'anno 3199 lo spazio vitale del genere umano si è esteso a tutto il sistema solare. Sono passati mille anni dalla lotta senza quartiere contro Gamilas, e le epiche gesta della Yamato stanno via via sbiadendo assumendo i contorni del mito. Ma proprio ora che l'umanità ha dimenticato la lotta dei propri antenati abituandosi ad una pace duratura, il "nulla" governato dalla regina oscura Darqueen appare all'improvviso inghiottendo il cosmo. Di fronte all¹immane pericolo dell'estinzione dell'intero universo, la Yamato chiama Susumu Kodai 32° e i discendenti del vecchio equipaggio, per partire alla volta di un nuovo viaggio.