Nero, Allenatore di Pokémon, sta esplorando la misteriosa regione di Unima con il suo Pokédex nuovo di zecca. L'Allenatrice Bianca invece dirige un'agenzia di talenti Pokémon. Nel corso del loro viaggio insieme, i due ragazzi si imbattono nel Team Plasma, una perfida organizzazione che predica la liberazione di tutti i Pokémon! I due ragazzi però si separano e proseguono ciascuno per conto proprio...