Nero, Allenatore di Pokémon, sta esplorando la misteriosa regione di Unima con il suo Pokédex nuovo di zecca. L'Allenatrice Bianca invece dirige un'agenzia di talenti Pokémon. Nel corso del loro viaggio insieme, i due ragazzi si imbattono nel Team Plasma, una perfida organizzazione che predica la liberazione di tutti i pokémon! I due ragazzi, però, si separano e proseguono ciascuno per conto proprio... La sicurezza di Nero sul legame con i suoi Pokémon viene messa a dura prova da N, il leader del Team Plasma. Proprio mentre il ragazzo sta per darsi per vinto e tornare a casa, gli si presenta l'occasione di conquistare l'ultima Medaglia e poter così accedere alla Lega Pokémon! Riuscirà Nero a ritrovare la fiducia in se stesso in tempo per vincere questa lotta cruciale?