Toma Kamijo è un liceale come tanti... Anzi, a dire il vero no, perché nella città-studio in cui vive "normalità" significa avere poteri extrasensoriali potenziati dalla scienza e dalla tecnologia, che Toma non possiede. L'unica capacità speciale di cui è dotato risiede nel suo braccio destro, in grado di annullare qualunque potere ESP. In questo scenario il nostro protagonista si trova a prendersi cura di Index, custode di importanti segreti costretta a fuggire da nemici intenzionati a carpirle preziose informazioni. Il primo avversario che si fa avanti a reclamare per sé la piccola suora dai capelli argentati è Kaori Kanzaki, spadaccina straordinaria che non esita ad attaccare il ragazzo non appena questi rifiuta di consegnarle Index...