Batman ha osservato nell'ombra l'elezione di Quincy Sharp come sindaco di Gotham dopo che, immeritatamente, l'uomo era riuscito a farsi attribuire il merito per aver fermato il Joker durante la rivolta che aveva distrutto il Manicomio Arkham. Il Cavaliere Oscuro ha poi accettato con riluttanza lo status di fuorilegge quando il municipio ha deciso di punire tutti coloro che indossavano un costume, inclusi gli eroi. Ma nel momento in cui i piani riguardanti Arkham City sono stati svelati, Batman ha capito che era il momento di agire. Arkham City: un'intera zona della città consegnata ai pazzi e ai criminali, un luogo dove essi possono sviluppare liberamente la propria visione della società, per quanto essa sia caotica. Il più Grande Detective del Mondo ha intuito che, qualcuno, non visto, sta tirando le fila di questo bizzarro esperimento con esiti potenzialmente pericolosissimi, dunque ha deciso di infiltrarsi in questa città-prigione gestita secondo regole private. Cercando di farsi strada attraverso gli eserciti di Due Facce, del Pinguino e persino di un Joker in via di guarigione, Batman deve scoprire il segreto che il sindaco sta cercando di nascondere, altrimenti Gotham è destinata a essere inghiottita da un baratro senza fine.