Sotto il governo dell'Ordine dell'Ospedale di S. Giovanni di Gerusalemme, l'arcipelago maltese fu l'unico principato monastico presente nell'area mediterranea in età moderna. L'Ordine ne conservò la sovranità sino alla fine del XVIII secolo e instaurò un complesso dialogo con l'ordinario diocesano, dando il via a una serie di conflitti destinati a durare per quasi due secoli. Oggetto della contesa fu la giurisdizione sugli abitanti della nuova capitale del principato, La Valletta, un convento a dimensione urbana nel quale si cercò di stabilire una sorta di "abbatia nullius", scontrandosi con l'opposizione dell'episcopato locale e con lo scetticismo di Roma.